「塩基配列」に関連した動画の一覧

	走査トンネル顕微鏡を使ってDNA１本でのグアニン塩基の配列の解読に成功  大阪大学産業科学研究所バイオナノテクノロジー研究分野・川合研究室 2009年7月大阪大学産業科学研究所の川合教授・田中助教は、走査トンネル顕微鏡を使って、単一分子DNAの中にあるグアニン塩基の配列を一個一個直接読みとる技術の開発に成功しました。従来のDNAの塩基配列決定方法では、大量のDNAが必要、また、繰り返し配列や、Gの含有量が多いと読めない、さらに、知りたい遺伝子の部分のみを飛ばし読みすることができないなどの問題がありました。今回我々は、約７千塩基を有する１本鎖DNAを基板の上に固定する技術を開発し、STMで塩基配列決定を試みました。その結果、Gが他の塩基分子より明るく観察され、STM観察やエネルギー分光でGの識別ができることが明らかになりました。本研究の成果は、「僅か１本のDNA試料」で、「高速」に「飛ばし読み」のできる次々世代のDNAシーケンサーの開発につながると期待されます。 本研究の内容はNature Nanotechnology (7/5,web)に発表され、日本経済新聞（7/6）、読売新聞朝刊（7/6）、毎日新聞（7/6）、毎日.jp（7/6）、時事ドットコムで紹介されました。 2010年01月20日再生回数 834
	SAKURAを用いた塩基配列登録の方法(基本編）  高画質版はこちら togotv.dbcls.jp SAKURAは，DDBJが運用しているウェブ経由の塩基配列データ登録システムです。今回の番組ではSAKURAを用いた塩基配列の登録方法についてデモデータを使いながら紹介します。 この番組は2010年6月23, 24日にライフサイエンス統合データベースセンター（DBCLS）にて開催されたAJACS & 第22回DDBJing 講習会 in 東京より、DDBJ 小菅 武英 アノテータによる「SAKURAを用いた塩基配列登録の方法」に基づき、登録に関する基本的な注意点などを分かりやすくまとめたものです。登録の詳細についてはこちらの動画をご覧ください。またヘルプ資料（PDF）がありますのでこちらもあわせて参考にしてください。 2010年09月03日再生回数 106
	transeqで塩基配列をアミノ酸配列に変換する  高画質版はコチラ togotv.dbcls.jp transeq はEMBOSSプロジェクトで提供されている塩基配列をアミノ酸配列に変換するツールです。 EMBOSSとはEuropean Molecular Biology Open Software Suiteの略で、200を越えるアプリケーションから構成されている統合パッケージです。無料で利用できます。 2008年03月24日再生回数 1773
	Ensembl tips 〜塩基配列のアラインメントを作成する〜2009  高画質版はこちら togotv.dbcls.jp Ensemblは、 The Wellcome Trust Sanger InstituteとEBI(European Bioinformatics Institute) の共同で開発、維持されているゲノムブラウザ、ゲノムアノテーション閲覧システムのことです。 第三弾の今回は、Ensemblを使って遺伝子の塩基配列を生物種間で比較し、そのアラインメントを作成・閲覧する方法について紹介しています。以前の番組で紹介した CLUSTALWで配列のアラインメントを作成すると内容的には同じですが、CLUSTALWを用いる場合は比較する塩基配列を自分で用意しなければいけません。Ensemblではその手間が省けるほか、遺伝子のプロモーター配列が存在する上流配列などを付加した上で簡単にアラインメントを作成することができます。 2009年02月20日再生回数 213
	Ensembl tips 〜塩基配列のアラインメントを作成する〜  高画質版はコチラ togotv.dbcls.jp Ensemblは、 The Wellcome Trust Sanger InstituteとEBI(European Bioinformatics Institute) の共同で開発、維持されているゲノムブラウザ、ゲノムアノテーション閲覧システムのことです。 今回はEnsemblを使って遺伝子の塩基配列を生物種間で比較し、そのアラインメントを作成・閲覧する方法について紹介しています。以前の番組で紹介した CLUSTALWで配列のアラインメントを作成すると内容的には同じですが、CLUSTALWを用いる場合は比較する塩基配列を自分で用意しなければいけません。Ensemblではその手間が省けるほか、遺伝子のプロモーター配列が存在する上流配列などを付加した上で簡単にアラインメントを作成することができます。 2008年03月24日再生回数 334
	KazusaMartを使い倒す～塩基配列を入手する～  高画質版はこちら togotv.dbcls.jp KazusaMartはかずさDNA研究所が提供するBioMartシステムによるゲノム情報統合型データベースの一つで、シアノバクテリアのゲノム情報に特化していることが特徴です。今回は、KazusaMartを用いてシアノバクテリアSynechocystis sp. PCC6803の光合成に関連する遺伝子の塩基配列の入手する方法を紹介します。 2010年02月04日再生回数 151
	SAKURAを用いた塩基配列登録の方法  本家はこちら togotv.dbcls.jp 本日の統合TVは、2010年6月23, 24日にライフサイエンス統合データベースセンター（DBCLS）にて開催されたAJACS & 第22回DDBJing 講習会 in 東京より、DDBJ 小菅 武英 アノテータによる「SAKURAを用いた塩基配列登録の方法」をお送りします。 2010年12月16日再生回数 12
	NCBI BLASTの使い方 〜基本編〜 2010  高画質版はこちら togotv.dbcls.jp NCBI BLAST(えぬしーびーあいブラストと発音します)は、問い合わせ配列に類似した配列をデータベース中から検索するツールです。BLASTの名称はBasic Local Alignment Search Toolの頭文字に由来しており、配列解析には欠かせない、基本的なツールです。 ここでは、DNAデータベース (DDBJ/EMBL/GenBank=INSD) 総覧と検索に収録されている塩基配列を問い合わせ配列として、nr/ntデータベース（冗長性を排した塩基配列データベース）に対して検索を行い、機能を推定する使い方を説明します。 もちろん、塩基配列だけではなく、アミノ酸配列に対しても使えます。 2010年04月13日再生回数 1609
	CLUSTALWで配列のアラインメントを作成する  高画質版はコチラ togotv.dbcls.jp ClustalW(「クラスタルダブル」と読みます)は複数の塩基配列やアミノ酸配列をできるかぎり一致するように並べる（多重（マルチプル）アラインメント）ツールです。比較的簡単な操作で系統樹作成なども行うことができます。 ここでは、例としてヒト、マウス、ブタの各生物種における脂肪代謝遺伝子peroxisome proliferator-activated receptor(PPAR)ファミリーの塩基配列をサンプル配列として多重アラインメントを行い、系統樹を作成する方法を説明します。 2008年03月24日再生回数 2101
	系統樹作成 1/10 NCBIからの配列取得1  NCBIにアクセスして塩基配列をとってきます。ヒト(Homo sapiens)のEDN(eosinophil-derived neurotoxin)のCDS配列をとります。 2008年10月31日再生回数 4093